食管癌的发病与生活习惯、自然环境和遗传因素有很大关系。饮酒、吸烟、对食管造成损伤的各类慢性刺激及环境因素是我国食管鳞癌发病的主要原因。喜食烫食、重度饮酒、人均收入低、体质指数[衡量人体胖瘦程度以及是否健康的标准之一，体质指数(BMI)=体重(kg)／身高的平方(㎡)]偏低、以往有食管病变、不按时就餐、喜食辣食、食用酸菜、肿瘤家族史等均可能是增加食管癌风险的因素。增加蔬菜水果的摄入似乎可降低食管癌的发病，但这种作用仍无法抵消烟酒因素所造成的影响。
中国人所患食管癌的组织学分型（在显微镜下，根据不同的癌细胞形态，将食管癌进行的分类）95%以上为鳞癌，西方入主要为腺癌。西方人群患食管腺癌的主要致病因素与胃一食管反流症、吸烟及饮酒有关，亚洲人患食管鳞癌的危险因素非常复杂，尚不完全清楚。
日本研究发现，饮酒和吸烟是食管癌的主要危险因素；中国台湾研究显示嚼食槟榔是主要危险因素；我国食管癌高发区研究表明，饮食因素、环境因素更加关键，例如进食热烫或刺激性强的食物、缺少蔬菜和水果的摄入、经常接触氮亚硝基化合物（例如含氮肥料、发霉的崩菜）等。
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